반응형 Computational Chemistry6 [L] #3. cp 3. cp리눅스를 사용하다 보면 어떤 파일을 복사해야 할 때가 있다. 이 때 사용하는 커맨드가 바로 cp이다. cp는 copy의 약자인 듯 하다. 1. 기본 사용법기본 사용법은 다음과 같다.cp [option] $1 $2 이해가 안되는 분들을 위해 해석해 보자면복사 [이 옵션으로] 이것을 이것으로 순서라고 보시면 되겠다. 옵션을 사용하지 않는다면, 옵션을 빼고 진행하면 되겠다.첫 시간에 배운 ls를 이용해보았다. 1.txt가 바탕화면에 존재한다. 이제 이것을 복사해 보자.복사를 진행한 후 리스트를 확인해보았다. 2.txt가 생긴 모습이다. 열어서 확인해보자. vi를 이용해서 열어보면1과 2의 내용물이 모두 같다는 것을 알 수 있겠다. 2. 그럼 이제 옵션을 써보자.cp 역시 여러가지 옵션이 .. 2024. 9. 11. [L] #1. ls Command를 사용하기 위해서는 먼저 Linux terminal에 접속해야 할 것이다. Terminal을 열면 다음과 같은 화면이 나타난다. 1. lsls는 'list'의 약자이며, 여러 파일 혹은 디렉토리(폴더)의 리스트를 보여주는 기능이다. 다음과 같이 눌러보자.ls현재 위치에서의 모든 파일 및 디렉토리가 보인다. 'directory'시리즈는 설명을 위해 미리 만들어두었다.ls는 뒤에 추가적인 option을 입력하여 다양하게 사용할 수 있다. 물론 나는 모든 옵션을 다 알지 못하므로, 터미널에 직접 물어보도록 하자. 다음과 같이 입력해 보자.info ls정보화면이 나온다. 여기서 아래로 내려보면 여러 가지 키워드에 대한 설명이 나오는데, 영어의 압박이 있는 분들을 위하여 내가 정리해 보겠다.Opti.. 2024. 3. 20. [L] #0. Shell script & Linux command 목차 들어가기 전에사실 나는 코딩 관련 전공자도 아니고, 실무자도 아니다. 그럼에도 불구하고 아주 어린 시절부터 알게 모르게 컴퓨터와의 접점이 있어 왔으며 '필요에 따라' 구글이나 네이버를 검색해가며 필요한 언어들이나 커맨드들을 익혀 나갔다.'필요에 따라'가 무엇이었는지는 나중에 일상글이나 칼럼글에서 이야기하기로 하고, 오늘 글에서는 본 카테고리의 목적에 대해 간단히 설명하는 시간을 가져보도록 하자.내가 전공하고 있는 계산화학(Computational Chemistry)는 기본적으로 컴퓨터 기반의 화학이다. 그렇기에 관련된 소프트웨어를 사용해야만 하며, 여러가지 소프트웨어가 있겠으나 우리 실험실에서는 가장 대중적인 소프트웨어인 Gaussian 16.0을 사용한다. Gaussian은 windows에서도 사용할 .. 2024. 3. 20. [C.Chem] Gaussian 16을 이용한 QM 계산의 기본 절차 지난 학기 대학원 수업에서 계산법 소개용으로 작성했던 프레젠테이션인데, 그냥 버리기는 아까워 여기에 적어볼까 한다. 사실 계산화학을 하는 사람이 대한민국에 얼마나 있는지 잘 모르기 때문에 큰 효용성이 있을지는 의문이지만.. 실험실마다 방법이 다르겠지만, 내가 속한 실험실에서의 계산 진행의 절차는 대략 다음과 같다. 1. Draw overview first. 항상 모든 계산의 시작은 '어디로부터' 시작해서 '무엇을' 위해 하는지를 생각하는 것이다. 하나의 방향성을 가지고 있지 않으면 계산 중간중간에 나타날 수많은 난관들을 극복하기가 매우 까다롭다. 간단한 overview를 논문을 읽거나 랩미팅, 저널클럽 등에서 스터디한 후 'Chemdraw'나 'Chemsketch'를 이용하여 반응의 전반적인 mechan.. 2022. 1. 14. Chapter 1. 계산 모델과 계산 화학 (Computational Models & Model Chemistries) - 1 모든 화학자들은 모델을 사용한다. 화학을 처음 시작하는 학생들은 그들의 이해를 돕고, 분자 구조를 시각화하기 위하여 플라스틱 모델을 사용한다. 최근, 학생들과 숙련된 연구자들은 같은 목적을 위하여 화학 구조를 그리는 프로그램을 사용하기 시작하였다. 모든 모델이 물리적이거나 그림으로 된 물체는 아니다. 예를 들어, SN2 메커니즘은 많은 화학 반응들을 성공적으로 설명하는 특정한 수준의 단순한 모델이 된다. 이러한 모든 것들은 공통적으로 실제 화학적 물질들과 과정들을 근사하기 위해 미리 정의된 일련의 물체(object)들인 것이다. 유사한 방법으로, 계산화학(Computational Chemistry)은 물리학의 기본 법칙들을 기반으로 하여 화학 구조와 반응들을 수치화하여 예측한다. 이러한 것들은 화학자들로.. 2021. 4. 9. [C.Chem] Gaussian에서 Orbital swap하기 1. Orbital 확인하기 계산을 하다 보면 전자가 원하는 오비탈에 있지 않은 경우가 있습니다. 컴퓨터는 그저 Multiplicity와 Charge에 기반하여 계산을 하기 때문에, 어느 오비탈에 전자가 있어야 하는지까지는 생각하지 않기 때문인데, 이 때문에 때때로 직접 오비탈을 변경해줘야 하는 경우가 생깁니다. Molden에서 원하는 Compound를 열어 보면 Miscellaneous 칸에 있는 Dens. Mode가 있습니다. 이 Density mode를 통하여 오비탈의 모양을 직접 볼 수 있습니다. 그러나, 일반적인 계산에서는 이 Density mode가 나오지 않습니다. 이 때문에 키워드를 조금 입력해 주어야 합니다. --- %cpu= %mem= %chk= ~~ pop=full gfinput gf.. 2021. 1. 6. 이전 1 다음 반응형
